La loi de 1905 remet aux cultes la gestion et la rémunération de leurs ministres. Seuls les services d’aumô­nerie dans les établissements publics (hôpitaux, armée, prisons) relèvent de la compétence de l’État. À ce sujet, le manque d’aumôneries musulmanes est relevé. Certaines religions disposent d’une hiérarchie cléricale ou d’une organisation représentative qu’elles ont constituée elles-mêmes (le consistoire israélite par exemple). L’islam ne dispose pas, à proprement parler, d’un clergé, c’est-à-dire de ministres du culte s’inscrivant dans une hiérarchie. « La qualification d’imam, ainsi que les missions qui leur sont confiées, ne sont pas strictement définies. Le statut juridique des imams reste imprécis », souligne le Conseil d’État. Néanmoins, plusieurs initiatives ont été prises pour organiser une instance représentative de l’islam de France (CORIF en 1989, Conseil consultatif des musul­mans de France en 1993 ; CFCM en 2002, Conseil français du culte musulman).  En ce qui concerne la formation des imams, il existe trois institutions, l’une à la Mosquée de Paris (créée en 1993), l’autre gérée par l’UOIF (Union des organisations islamiques de France) dans la Nièvre (depuis 1990), et une dernière à l’Institut Catholique de Paris (2008). Certains critiquent que cet enseignement théologique soit souvent aux mains de courants traditionalistes. Cependant, comme le précise le Haut conseil à l’intégration, « les pouvoirs publics peuvent seulement créer les conditions permettant aux can­didats à la fonction d’imam de trouver, en France, la formation nécessaire… Si l’État peut encourager la création d’institutions universitaires permettant d’enrichir la connaissance de la culture musulmane, il ne peut se substituer aux activités cultuelles pour la formation des cadres religieux ».