En Alsace-Moselle, il existe un droit local et des dispositions en matière religieuse héritées du Concordat. Ce régime spécifique se traduit par la coexistence de deux régimes cultuels, celui des cultes reconnus (Église catholique, Église de la confession d’Augsbourg d’Alsace et de Lorraine, Église réformée d’Alsace et de Lorraine, culte israélite) et celui des autres cultes (par exemple, l’islam).Les ministres des cultes reconnus sont rémunérés par l’État ; les associations religieuses peuvent être sub­ventionnées à titre volontaire par les collectivités publiques ; l’enseignement religieux des quatre cultes reconnus est obligatoire dans les établissements publics de l’enseignement. Néanmoins, les élèves peu­vent en être dispensés. Les cultes non reconnus peuvent eux aussi recevoir des subventions publiques et s’organiser en associa­tions de droit local avec des objets à la fois cultuels et non cultuels. Ce droit local concerne par ailleurs le domaine pénal. Ainsi, l’article 166 du Code pénal local reconnaît le délit de blasphème : « celui qui aura causé un scandale en blasphémant publiquement contre Dieu par des propos outrageants, ou aura publiquement outragé un des cultes chrétiens ou une communauté religieuse […], ou les institutions ou cérémonies de ces cultes ou qui, dans une église ou un autre lieu consacré à des assemblées religieuses, aura commis des actes injurieux et scandaleux, sera puni d’un emprisonnement de trois ans au plus. »

Un tel système peut être considéré comme contraire aux principes d’égalité et d’indivisibilité de la République, voire inconstitutionnel en ce qu’il ne respecte pas le principe de laïcité. Pourtant, pour ce qui est plus particulièrement de l’enseignement religieux obligatoire dans les écoles publiques, le Conseil d’État a conclu, en 2001, que ce régime particulier n’enfreignait pas le principe laïque (arrêt du 6 avril 2001).

Des régimes différents ont été institués dans les divers territoires d’Outre-Mer à l’époque coloniale. Aujourd’hui, 5 territoires sont concernés par des dispositions particulières : la Nouvelle-Calédonie, la Polynésie française, les îles Wallis et Futuna, Saint-Pierre et Miquelon et la Guyane. Dans ces territoires, le régime en vigueur, tributaire de l’histoire, comporte diverses dispositions sur les cultes, notamment les décrets Mandel de 1939, entrés en vigueur à des dates différentes selon les territoi­res, qui permettent le financement public des cultes.